Saint Pierre le Jeune fait partie des églises médiévales fondées à l’extérieur de la ville de Strasbourg autour du VIIe ou VIIIe siècle. Construite au début du XIe siècle, cette église a été nommée Jung Sankt Peter ("Saint Pierre le Jeune"), par opposition à une autre église, "Saint Pierre le Vieux", qui était déjà en place.

Autre particularité de l'édifice : il dispose de deux bas-côtés au Sud, mais un seul au Nord.

Avec l'agrandissement de la ville de Strasbourg (la Neustadt) est construite en 1889 un nouvelle église (près du palais de justice) "Saint Pierre le Jeune Neuf" pour le culte catholique. Le chœur est donc libéré, et Saint Pierre le Jeune "vieux" redevient entièrement protestante. L'idée d'une restauration germe alors.

Le professeur Carl Schäfer (1844 - 1908) fût chargé en 1894 de la restauration de l'église. Il a stabilisé la tour de l'église et rajouté des escaliers, retrouvé les fresques intérieures et repeint l'extérieur de l'église. Cependant, il a gardé le jubé, et dans le chœur tous les lambris datant du XVIIIe siècle.

La Chapelle des Anges fût également un ajout du professeur Schäfer lors de la restauration de l'église.

Le cloître tel qu'il est aujourd'hui date également du XIXe siècle, exceptée cette colonne à quatre têtes, qui est présente depuis sa construction.